Den Heliga Gravens av Jerusalem Riddarorden är organiserad i två delar.
Det latinska patriarkatet har ansvar för det Heliga landet (Jordanien, Palestina, Cypern och Israel) och dess ca 150.000 kristna. Patriarkatet ansvarar också för de Heliga platserna och institutioner.
Stormagistratet ansvarar för ca 60 ståthållarskap och 10 magistrala delegationer fördelade över fem kontinenter med ca 20.000 medlemmar, Varje ståthållarskap har en egen ledning.

Påve Franciscus, ordens beskyddare
Den Helige Fadern och därmed den Heliga stolen utgör ordens högsta myndighet sedan år 1496 då påve Alexander VI upphöjde Orden till en påvlig riddarorden.

H.Em. Kardinal Fernando Filoni
Ordens Stormästare är H.Em. Kardinal Fernando Filoni som ansvarar för Ordens stormagistrat och arbete utanför det Heliga landet.
Påve Pius XII som 1949 instiftade att Ordens Stormästare skulle vara kardinal och utsedd av den Heliga stolen.
Stormagistratets har sitt säte i Vatikanstaten.

H.E. Ärkebiskop Pierbattista Pizzaballa
Den Latinske Patriarken i Jerusalem är Ordens storprior och ansvarar för det Heliga landet, de Heliga platserna samt patriarkatets projekt.
1847 återetablerade påve Pius IX det latinska patriarkatet med säte i Jerusalem.